Het Noordzeeoverleg is verantwoordelijk voor de uitvoering van het MONS programma, dat onderdeel is van het Noordzeeakkoord. Het Noordzeeoverleg bereikt consensus over de programmering van MONS en stelt jaarplannen en rapportages vast. De Programmacommissie MONS fungeert als tussenportaal tussen het uitvoeringsbureau MONS en het Noordzeeoverleg. Zij legt de verbinding tussen het Noordzeeoverleg, dat programmeert, en het uitvoeringsbureau MONS, dat het programma uitvoert. Zij legt gedurende de uitvoering van het MONS programma verantwoording af aan het Noordzeeoverleg en aan het coördinerend ministerie van IenW. De Programmacommissie treedt met mandaat van het Noordzeeoverleg op als opdrachtgever van het uitvoeringsbureau MONS. Verder controleert de Programmacommissie MONS de begroting van het MONS programma en de besteding van de middelen. Het uitvoeringsbureau MONS voert het MONS programma uit als opdrachtnemer van de Programmacommissie. Het zorgt ervoor dat het MONS programma resultaten oplevert. Het uitvoeringsbureau MONS heeft bij de uitvoering de specifieke verantwoordelijkheid om de wetenschappelijke kwaliteit van het onderzoek te borgen.

De Programmacommissie en het Uitvoeringsbureau MONS stemmen af met de Stuurgroep Wind op zee ecologisch programma (Wozep), Comité van Toezicht van het Europees Maritiem, Visserij en Aquacultuur Fonds (EMVAF) en Stuurgroep Marien milieu (over onderzoek in het kader van de Kaderrichtlijn Mariene Strategie en de Convention for the Protection of the Marine Environment of the North-East Atlantic - OSPAR), vanwege de onderlinge samenhang en bijdragen voor de uitvoering van het MONS programma.